Alle molekularpathologischen Analysen können an formalinfixierten, Paraffin-eingebetteten Gewebeproben durchgeführt werden.
Für Mikrosatelliteninstabilitätsanalysen mittels vergleichender Längenfragmentanalyse wird zusätzlich zum Tumorgewebe Normalgewebe als Referenzkontrolle benötigt. Alternativ zum Normalgewebe kann peripheres EDTA-Blut als Referenzkontrolle verwendet werden.